2000年8月2日经国务院批准，原武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学与湖北医科大学组成新的武汉大学。汇荆楚之灵气、纳湖广之英才，四十多年来，这里走出了许许多多杰出的口腔医学人才，他们中有学界的精英，有德艺双馨的个性医生，有著述等身的学科泰斗，有 独领风骚的青年才俊。武汉大学口腔医学院经过几十年的建设发展，已成为一所集教学、科研和医疗于一体的高等教学医学院校，拥有口腔医学一级学科博士学位授予权，是口腔医学博士后流动站设站单位，设有教育部口腔生物医学工程重点实验室。

口腔医学院拥有口腔医学一级学科博士学位授予权，口腔基础医学为国家重点学 科。每年可招收五年制本科生、七年制本硕生、硕士研究生、博士研究生、留学生、进修生等层次的学生。拥有一批国内外著名的教授，把握国际领先技术，具有 先进的诊疗设备和先进的教学科研设施。每年有来自世界各地的著名学者举办学术讲座和交流，培养出来的学生已经遍布海内外。

由于当时中国中南地区口腔医学教学、科研、医疗水平比较落后，在中国卫生部、四川医学院（后更名为华西医科大学）和上海第二医学院（后更名为上海第二医科大学）的帮助和支持下，湖北医学院于武汉大学口腔医院医生工作1960年建立口腔医学系。1962年，湖北医学院附属口腔医院在湖北省武汉市武昌大东门正式开诊，并同时使用湖北省口腔医院名称。1980年，口腔医院迁至武昌广埠屯现址。1993年1月，湖北医学院更名为湖北医科大学。同年，口腔医院被中国卫生部评定为湖北省首批三级甲等医院之一。

2000年8月2日，湖北医科大学与武汉大学、武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学合并为新的武汉大学。医院则更名为武汉大学口腔医院，并继续沿用湖北省口腔医院名称。